Für großflächige Naturerbeflächen (in der Regel ab einer Größe von zwanzig Hektar) sowie für Naturerbeflächen, die im Verbund mit anderen Schutzgebietsflächen (z.B. Nationalparke, Biosphärenreservate, NSG) stehen, sind flächendeckende Naturerbe-Entwicklungspläne aufzustellen.

Für Naturerbeflächen, deren einzelne Flurstücke in der Summe eine Flächengröße von zwanzig Hektar unterschreiten, ist ein Naturerbe-Entwicklungsplan nicht erforderlich und es genügt in Abstimmung mit dem BfN in der Regel, ein Leitbild aufzustellen.

Wenn naturschutzfachliche Planungen (z. B. für Naturschutzgroßprojekte, Nationalparke oder für Biosphärenreservate) vorhanden sind, die die Ziele aus dem Leitbild für die Naturerbefläche abdecken, ist die Erarbeitung eines Naturerbe-Entwicklungsplans nicht erforderlich. Werden die Ziele nicht ausreichend abgedeckt, sind die Maßnahmen entsprechend anzupassen. Insbesondere im Waldbereich ist oftmals die Zielstellung Prozessschutz noch nicht umgesetzt. 

Eine große Herausforderung ergibt sich für Naturerbeflächen, deren Gesamtgröße zwanzig Hektar überschreitet, die aber vorwiegend aus Splitter- oder Kleinstflächen bestehen. Der Aufwand für Bestandserfassung und Maßnahmenplanung auf einer Vielzahl von weit auseinander gelegenen Einzelflächen ist im Verhältnis zum Nutzen sehr hoch. Daher wird empfohlen, auf der Grundlage des Leitbildes den Fokus der Maßnahmen nur auf die entwickelbaren Flächen zu legen. In Agrarlandschaften sind z.B. lineare Pflanzungen oder biodiversitätsfördernde Maßnahmen geeignet.

Die Abgrenzung des Planungsraumes muss nicht unbedingt identisch mit der Abgrenzung der Naturerbefläche sein. So kann es sein, dass vorhandene Strukturen, wie beispielsweise ein zu renaturierendes Fließgewässer oder eine wertvolle Mähwiese über die Naturerbefläche hinaus gehen. In solchen Fällen kann es sinnvoll sein, bereits zu Beginn des Planungsprozesses die Flächen im näheren Umfeld der Naturerbefläche zu betrachten und ggf. in den Planungsraum mit einzubeziehen. Die Maßnahmenplanung kann hier z. B. Hinweise auf notwendige Abstimmungen mit den benachbarten Flächeneigentümern oder auch auf die Sinnhaftigkeit von Flächenerweiterungen geben.

Der Naturerbe-Entwicklungsplan beinhaltet eine Zusammenstellung aller wichtigen Informationen zu der Naturerbefläche. Der Plan bietet in der Regel einen Überblick zu vorhandenen Schutzgebieten, zu naturräumlichen Gegebenheiten und zum Ist-Zustand von Biotopen und Lebensräumen sowie zur aktuellen Nutzung und zu Kampfmittelbelastungen auf der Naturerbefläche. Über das Leitbild der Naturerbefläche hinaus können dem Plan wichtige konzeptionelle Überlegungen zu den Maßnahmen sowie zum Umgang mit naturschutzfachlichen Zielkonflikten entnommen werden. Das Kernstück des Plans, die möglichst flächenscharfe Maßnahmenplanung, enthält für jede Einzelfläche detaillierte Aussagen zur Zielerreichung sowie zur ggf. notwendigen Pflege und ist deshalb für Flächeneigentümer eine wichtige Grundlage zur Umsetzung der Maßnahmen bzw. zur Erreichung der naturschutzfachlichen Ziele. Der Plan kann damit auch als Grundlage für die Kommunikation mit Ämtern oder anderen lokalen Akteuren dienen. Darüber hinaus kann das Vorliegen eines Naturerbe-Entwicklungsplanes bei Personalwechsel sehr hilfreich sein. 

Es gibt mehrere Möglichkeiten, um die Ergebnisse der Maßnahmenplanung auf Naturerbeflächen zu dokumentieren. Für große Organisationen, die viele großflächige Naturerbe-Gebiete verwalten, wird meistens ein Dokument erstellt, das aus einem umfassenden Plan mit Text und Karten besteht. Zudem liegen ergänzend zusammenfassende GIS-Daten mit allen relevanten Informationen vor. Für kleinflächigere Naturerbe-Gebiete fallen die Naturerbe-Entwicklungspläne in der Regel weniger umfassend und deutlich schmaler aus. 

Alternativ oder zusätzlich kann die Maßnahmenplanung und -dokumentation auch über Datenbanksysteme wie z.B. LieMaS erfolgen. LieMaS – das LiegenschaftsManagementSystem – ist eine kostenfreie Datenbank auf der Basis von Microsoft Access, die der Erfassung, Verwaltung und dem Management von Naturschutzflächen dient. In der Datenbank werden für vorher definierte Flächeneinheiten die konkreten Maßnahmen über Abkürzungen verschlüsselt, die in einem separaten Erläuterungskatalog aufgeführt sind. Voraussetzung für diese Form der Maßnahmenplanung ist eine sehr gute Gebietskenntnis u.a. zu FFH-Lebensraumtypen, kampfmittelbelasteten Bereichen oder Schutzgebieten, da eine textliche Dokumentation von Grundlagen, Zielen und Maßnahmen über das Leitbild hinaus nicht erfolgt. Die Maßnahmenplanung über LieMaS eignet sich besonders gut zur Dokumentation von Maßnahmen auf Kleinst- und Splitterflächen oder für kleinere Organisationen.